根据《印发深圳市建筑工务署职能配置内设机构和人员编制的规定》（深府办〔2004〕72号）和《关于调整市建筑工务署体制的通知》（深编〔2012〕52号）规定，深圳市建筑工务署为市政府直属正局级行政管理类事业单位。

　　主要职能有：负责市政府投资建设工程项目（交通工程项目除外）的资金管理、前期审批事项报批、招投标管理、预决算和投资控制管理，政府公共房屋本体结构性维修工程的监督管理，对部分适合的建设项目组织实施代建制；负责市政府投资的新建、改建、扩建水务工程（不含转为社会投资的项目）和投资5000万元及以上的水务发展专项资金等工程类项目的组织实施。